Die Klinik wurde als „Lehrstuhl für Abdominal und Transplantationschirurgie“ 1973 gegründet. Sie wurde bis 1997 durch Prof. Rudolf Pichlmayr geführt, der zuvor (seit 1969) an der MHH eine Abteilung für „spezielle Chirurgie und Transplantationswesen“ innerhalb der Klinik für Thoraxchirurgie unter Prof. Hans Georg Borst geleitet hatte.

Unter Rudolf Pichlmayr wurde die Klinik ein weltweit führendes Forschungszentrum der Transplantationsmedizin. 1973 wurde an der Klinik die erste Erwachsenen-Leber; 1978 die erste Kinder-Leber transplantiert. 1988 wurde die weltweit erste Split-Leber-Transplantation (Aufteilung eines Spenderorgans auf 2 Transplantatempfänger) durchgeführt. Unter Pichlmayr erfolgte – neben der Etablierung eines Programmes zur Nieren-, bzw. Nieren-Pankreas-Transplantation – auch der Aufbau der Klinik für Abdominalchirugie mit Etablierung einzelner Schwerpunktbereiche wie Leber- und Pankreaschirurgie, Dickdarmchirurgie, Magen- und Speiseröhrenchirurgie sowie endokrine Chirurgie. Prof. Rudolf Pichlmayr verstarb im September 1997 überraschend bei einem Badeunfall.

Ab April 1999 wurde die Klinik für „Allgemein-, Viszeral- und Transplantationschirurgie“ durch Herrn Prof. Jürgen Klempnauer geleitet. Unter seiner Führung etablierte sich die Klinik (gemeinsam mit der Klinik für HTTG-Chirurgie, sowie den Kliniken für Gastroenterologie,  Nephrologie und Pädiatrie) als größtes Transplantationszentrum Deutschlands mit im Jahre 2021 durchgeführten 89 Lebertransplantationen, 147 Nierentransplantationen, 5 Bauchspeicheldrüsen­transplantationen, 81 Lungentransplantationen und 15 Herztransplantationen.

Prof. Jürgen Klempnauer wurde im September 2022 in den Ruhestand verabschiedet. Seit dem 1.10.2022 wird die Klinik durch Prof. Moritz Schmelzle geleitet.