Bioinformatik (BM P 8)

oben: Bindung von Amastatin im nach der menschlichen Aminopeptidase N modellierten Genprodukt pam-1 von Caenorhabditis elegans (erstellt mit JSmol). Copyright: J. Alves - Institut für Biophysikalische Chemie, MHH;  unten: Ausschnitt eines multiplen Alignments von Sequenzen der Hexokinase erstellt mit Programmen des European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) auf https://www.ebi.ac.uk/. Copyright: J. Alves - Institut für Biophysikalische Chemie, MHH
oben: Bindung von Amastatin im nach der menschlichen Aminopeptidase N modellierten Genprodukt pam-1 von Caenorhabditis elegans (erstellt mit JSmol). Copyright: J. Alves - Institut für Biophysikalische Chemie, MHH; unten: Ausschnitt eines multiplen Alignments von Sequenzen der Hexokinase erstellt mit Programmen des European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) auf https://www.ebi.ac.uk/. Copyright: J. Alves - Institut für Biophysikalische Chemie, MHH

Qualifikationsziele
Das Modul vermittelt allgemeine Kenntnisse von Datenbanken und Internet-basierten Ressourcen zur Bearbeitung und Auswertung der dort zugänglichen Daten. Es gibt eine Einführung in die dazu genutzten Algorithmen. Es dient der Einübung einer molekularen Analyse von Proteinstrukturen und ihrer Modellierung.

Kompetenzen
Die Studierenden kennen die Prinzipien und die grundlegenden Algorithmen der vergleichenden Sequenzanalyse und die Datenbanken, in denen Primärsequenzen zu finden sind. Sie können Internet-basierte Programme zur Sequenzanalyse nutzen, um unbekannte DNA-Sequenzen zu assemblieren und das darauf codierte Protein zu bestimmen. Sie können auf der Grundlage der Evolution Nutzen und Grenzen der Struktur- und Funktionsvorhersagemöglichkeiten aus Primärsequenzen einordnen und phylogenetische Stammbäume erstellen. Nach homologen Vorbildern können sie eine unbekannte Proteinstruktur modellieren. Diese erklären sie ihren Kommilitoninnen und Kommilitonen in einer animierten Darstellung. Sie kennen die Algorithmen zu Strukturvergleichen und die Datenbanken zur Strukturklassifikation.