Die Zentrale Forschungseinrichtung Proteomics

Core Facility Proteomics

Das Proteomics-Labor ist für die Durchführung von MS-basierter Proteomik mit DDA- und DIA-Methoden und gezielter Proteinanalyse (Mass Western) ausgestattet.

 

Kontakt

Prof. Dr. Andreas Pich

Tel.: 0511-532-2808

 

Karsten Heidrich

Ulrike Schrameck

Lea Flemming

Johanna Sophie Libnow

Tel.: 0511-532-5614

Tel.: 0511-532-174256

 

 

Equipment

Orbitrap Fusion Lumos (Thermo Fisher Scientific)

Orbitrap Exploris 240 (Thermo Fisher Scientific)

LTQ Orbitrap Velos (Thermo Fisher Scientific)

7500 QTRAP (Sciex)

5800 MALDI TOF/TOF (Sciex)

4 nanoLC-Systems

Agilent 1100 LC

 

Für die MS-Datenanalyse stehen Multicore-PCs und Software wie MaxQuant, Spectronaut, Proteome Discoverer, SciexOS und Skyline zur Verfügung.

Softwaretools wie Perseus, Ingenuity Pathway Analysis können für bioinformatische Analysen verwendet werden. Wir sind mit R-Software und Internetplattformen wie PantherDB, GSEA u.ä. vertraut.

 

Kooperationen und Dienstleistungen

Das MS-Labor ist offen für Kooperationen und bietet folgende Dienstleistungen an:

  • Protein- und Proteomanalyse
  • Phosphoproteomik
  • Analyse posttranslationaler Modifikationen
  • Gezielte Proteinanalyse (Mass Western)
  • Beratung zur Proteom- und Proteinanalyse und zum experimentellen Design von MS-Experimenten

 

Anleitung zur Proteinidentifizierung

  • Proteinproben aus nahezu allen Quellen können analysiert werden. Zur ordnungsgemäßen Identifizierung eignen sich Datenbanken wie z.B. Uniprot.
  • Proteine sollten in einem geeigneten Puffer vorbereitet oder können nach der SDS-PAGE leicht analysiert werden. Bitte beachten Sie, dass Cysteinreste vor der Analyse alkyliert werden müssen. Methoden zur Alkylierung sind im MS-Labor erhältlich.

                                                  Gebühren und Entgelte

 

                                                  Für die Analyse müssen wir eine Gebühr erheben, die für Service- und Wartungsverträge der LC-MS-Systeme verwendet wird:

 

Status ab 01.01.2024

                     

Gebühren für externe Bestellungen

Gebühren für Bestellungen der MHH-Labore    

Gebühren für Bestellungen bei RESIST    

Probenvorbereitung LC-MS-Lauf (1-2 h) inkl. DB-Suche 

            150,- €             75,- €             50,- €

LC-MS-Lauf (1-2 h) inkl. DB-Suche     

            100,- €             50,- €             25,- €

 

                                                 Die Messungen und Auswertungen werden im Rahmen der Core Facility Proteomics verarbeitet.

                                                 Alle Daten und entsprechenden Ergebnisse werden an den Auftraggeber übermittelt.