Die Ausstattung des Labores
Das Labor ist mit zwei Biomek Nxp-Robotern der Firma Beckman-Coulter ausgestattet. Durch die vielseitige Programmierbarkeit dieser Hilfsroboter lassen sich folgende Prozesse abwickeln:
- Aufreinigung von DNA und RNA aus Probenmaterial und
- Vor- und Nachbereitung von PCRs und Sequenzierungs-PCRs,
- weitgehend alle Pipettierschritte, die für eine Reihe von Proben identisch erfolgen können.
Bei all diesen Prozessen werden durch die Automatisierung konsistentere und stabilere Ergebnisse im Vergleich zur manuellen Verarbeitung erreicht und ein höherer Durchsatz erzielt.
Für die DNA-Analyse stehen uns zwei Sequenzierungsmethoden zur Verfügung:
Zur Analyse von Basenabfolge und Methylierungsmuster größerer DNA-Bereiche mittels Cas9-mediated enrichment bzw. des gesamten Genoms ohne weitere chemische Umwandlung und PCR-Amplifikation wurde die Nanopore-Sequenzierung in unserem Labor etabliert.
Weitere DNA-Analysen (Bisulfit-Sequenzierung, SNP, VNTR, LPR) mittels Sanger-Sequenzierung erfolgen auf einem Sequenziergerät ABI 3500xL der Firma Applied Biosystems.
Für die Amplifikation von Nukleinsäuren stehen uns vier Thermocycler und ein Real-Time Cycler der Firma BioRad zur Verfügung. Zur Visualisierung der PCR-Produkte kommt ein Elektrophorese-System (Kammern und PowerPac™ Basic power supply) und GelDoc Imaging System der Firma BioRad zum Einsatz.
Die DNA-/RNA/Protein-Quantifizierung wird mittels Spektralphotometer / Fluorometer der Serie DS-11 der Firma Denovix durchgeführt.
Zur genaueren Bestimmung von Größe und Qualität von DNA und RNA kommt der Bioanalyzer 2100 der Firma Agilent zum Einsatz.
Für eine Aufkonzentrierung gering-konzentrierter (DNA-) Proben verfügt unser Labor über den Savant DNA 120 Speedvac Concentrator der Firma Thermo Scientific.
Proteinnachweis und Proteinquantifizierung finden mittels Proteingel- und Blot-kammern, VersaDoc Imaging System der Firma BioRad und ELISA-Gerät der Firma Molecular Devices inklusive Plate Washer der Firma BioTek statt.
Zur Kultivierung von Zelllinien, Primärzellen und iPS-Zellen verfügen wir über ein voll ausgestattetes S1-Labor mit Sterilwerkbänken, Brutschränken, Zentrifuge, Mikroskop und Live Cell Imager.
Für die Klonierung und Expression rekombinanter Proteine sowie Restriktion, Ligation und Transformation sind zwei Räume unseres Labors für gentechnische Arbeiten der Sicherheitsstufe 1 ausgestattet. Hier kommen auch CRISPR/Cas9-Technologie, Genexpressions- bzw. Promotoraktivitätsstudien mittels GloMax-Multi Detection System der Firma Promega sowie Genotypisierungen zum Einsatz. Für diese Methoden stehen dort Inkubatoren der Firma Memmert, ein temperierbarer Schüttler der Firma Edmund Bühler GmbH inklusive Inkubationshaube zur Kultivierung (rekombinanter) Mikroorganismen sowie ein Elektroporator für die Transfektion zur Verfügung.
Zur Aufbewahrung von Probenmaterial verfügt das Labor über fünf Ultra-Tiefkühlschränke der Firma Sanyo. Durch die Einlagerung in speziell für den Niedrigtemperaturbereich geeigneter Schubladeneinsätze der Firma Landgraf kann das Probenmaterial mittels der Software MySamples nachhaltig verwaltet werden.