Arnab Nayak

Dr. rer. nat.

Kontakt

Ph.D. Arnab Nayak

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Fax: +49 511 532 -4296

Adresse: 30625 Hannover, Carl-Neuberg-Str.1

Büro:  Gebäude J03, Block 01, Ebene 03, Raum 1340


Werdegang 

  • 2017: Anstellung am Institut für Molekular- und Zellphysiologie, Medizinische Hochschule Hannover. Projektleiter der Chromatin- und SUMO-Physiologie-Arbeitsgruppe
  • 2011 - 2017: Postdoktorand an der Goethe-Universität Frankfurt.
  • 2009 - 2011: Wissenschaftlicher Mitarbeiter, Universität Cambridge.
  • 2008 - 2009: Career Development Fellow (CDF), MRC-LMB, Cambridge.
  • 2004 - 2008: Promotion an der Universität Würzburg.
  • 2001 - 2003: Junior Research Fellow am National Centre for Cell Science (NCCS), Indien.
  • 1999 - 2001: Master in Zoologie (Spezialisierung in molekularer, angewandter und klinischer Genetik) an der Banaras Hindu University, Indien.
  • 1996 - 1999: Bachelor in Zoologie (mit Chemie und Botanik), Universität Burdwan, Indien.

 

Aktuelle Forschungsschwerpunkte

Krebsbiologie, Chromatin und Epigenetik, Motorproteinmoleküle, Proteomik, Stammzellen, SUMOylierung, Einzelmoleküluntersuchungen an molekularen Motorproteinen.

 

Expertisen

  • Zellbiologie, Biochemie und Molekularbiologie
    Isolation und Kultur von humanen Nabelschnurblut-Stammzellen und Maus-Lymphozyten (CD4+ T-Zellen, CD4+CD25+ regulatorische T-Zellen) FACS. Erzeugung einer stabilen Zellinie (bedingte Proteinexpression, Flip-In-Tet-On- und Tet-Off-System). Genspezifische Proteomik durch Nutzung des CRISPR/Cas9-Genomeditierungswerkzeugs, 2D-Gelelektrophorese, Chromatin-Immunpräzipitation (ChIP), ChIP-Seq, Coimmunopräzipitation, Reportergenaktivitätsassay, Western-Hybridisierung. Molekulare Klonierung, DNA-Sequenzierung und ortsgerichtete Mutagenese. Tandem-Affinitätsreinigung (TAP) von Köderproteinen, gefolgt von massenspektrometrischer Analyse. Echtzeit-qPCR-Analyse der Homeobox-Genexpression. Expression (in E. coli. und Säugetierzellen) und Reinigung von rekombinantem Protein durch Affinitätschromatographie, siRNA-vermittelter Protein-Knockdown.
     
  • Orbitrap elite Massensprektrometer und zugehörige Software, SILAC-basierte Studien, markierungsfreie Quantifizierung, Di-gly SUMO-Proteomik
     
  • Mikroskopische Untersuchungen
    Konfokale Laser-Scanning-Mikroskopie. Total Internal Reflection Fluorescence (TIRF) Mikroskopie.

 

Wissenschaftliche Artikel in Fachzeitschriften

  • Mamta Amrute-Nayak, Gloria Pegoli, Tim Holler, Alfredo Jesus Lopez-Davila, Chiara Lanzuolo, Arnab Nayak,Chemotherapy triggers cachexia by deregulating synergetic function of histone-modifying enzymes, J Cachexia Sarcopenia Muscle, 2020 Dec 10., doi: 10.1002/jcsm.12645. Online ahead of print, PubMed
  • Wang T, Brenner B, Nayak A, and Amrute-Nayak M, Acto-Myosin Cross-Bridge Stiffness Depends on the Nucleotide State of Myosin II, Nano Letters, 2020 Sep 15. doi: 10.1021/acs.nanolett.0c02960. [Online ahead of print] PubMed
  • Nayak A, Wang T, Franz P, Steffen W, Chizhov I, Tsiavaliaris G, Amrute-Nayak M, Single-molecule analysis reveals that regulatory light chains fine-tune skeletal myosin-II function, J Biol Chem. 2020 Apr 9. pii: jbc.RA120.012774. doi: 10.1074/jbc.RA120.012774, PMID: 32273340, Artikel, PubMed
  • Nayak A*, Lopez-Davila AJ, Kefalakes E, Holler T, Kraft T, Amrute-Nayak M. (2019). Regulation of SETD7 Methyltransferase by SENP3 is Crucial for Sarcomere Organization and Cachexia. Cell Reports. Vol 27, issue 9, P2725-2736.e4, May 28. (*corresponding author)
  • Nayak, A*., Reck, A., Morsczeck, C., and Muller, S. (2017). Flightless-I governs cell fate by recruiting the SUMO isopeptidase SENP3 to distinct HOX genes. Epigenetics Chromatin .10, 15. (*corresponding author)
  • Nayak, A., Viale-Bouroncle, S., Morsczeck, C., and Muller, S. (2014). The SUMO-specific isopeptidase SENP3 regulates MLL1/MLL2 methyltransferase complexes and controls osteogenic differentiation. Mol Cell 55, 47-58
  • Nayak, A., Glockner-Pagel, J., Vaeth, M., Schumann, J.E., Buttmann, M., Bopp, T., Schmitt, E., Serfling, E., and Berberich-Siebelt, F. (2009). Sumoylation of the transcription factor NFATc1 leads to its subnuclear relocalization and interleukin-2 repression by histone deacetylase. J Biol Chem 284, 10935-10946.
  • Muller, S., and Nayak, A*. (2016). Inhibition of MLL1 histone methyltransferase brings the developmental clock back to naive pluripotency. Stem Cell Investig 3, 58. (*corresponding author).
  • Nayak, A., and Muller, S. (2014). SUMO-specific proteases/isopeptidases: SENPs and beyond. Genome Biol 15, 422.
  • Raman, N., Nayak, A*., and Muller, S. (2013). The SUMO system: a master organizer of nuclear protein assemblies. Chromosoma 122, 475-485 (* - shared first author).
  • Amrute-Nayak M, Nayak A, Steffen W, Tsiavaliaris G, Scholz T, Brenner B. (2019). Transformation of Conventional, Non-processive Myosin II into a Fast Processive Motor. (2019). Small. Feb;15(7)
  • Jung, J., Nayak, A., Schaeffer, V., Starzetz, T., Kirsch, A.K., Muller, S., Dikic, I., Mittelbronn, M., and Behrends, C. (2017). Multiplex image-based autophagy RNAi screening identifies SMCR8 as ULK1 kinase activity and gene expression regulator. Elife 6
  • Raman, N., Nayak, A., and Muller, S. (2014). mTOR signaling regulates nucleolar targeting of the SUMO-specific isopeptidase SENP3. Mol Cell Biol 34, 4474-4484
  • Schmidt, D., Nayak, A., Schumann, J.E., Schimpl, A., Berberich, I., and Berberich-Siebelt, F. (2008). Blimp-1Deltaexon7: a naturally occurring Blimp-1 deletion mutant with auto-regulatory potential. Exp Cell Res 314, 3614-3627.
  • Tamura, N., Simon, J.E., Nayak, A., Shenoy, R., Hiroi, N., Boilot, V., Funahashi, A., and Draviam, V.M. (2015). A proteomic study of mitotic phase-specific interactors of EB1 reveals a role for SXIP-mediated protein interactions in anaphase onset. Biol Open 4, 155-169
  •  Azukizawa, H., Dohler, A., Kanazawa, N., Nayak, A., Lipp, M., Malissen, B., Autenrieth, I., Katayama, I., Riemann, M., Weih, F., et al. (2011). Steady state migratory RelB+ langerin+ dermal dendritic cells mediate peripheral induction of antigen-specific CD4+ CD25+ Foxp3+ regulatory T cells. Eur J Immunol 41, 1420-1434.
  • Brandes, R.P., Harenkamp, S., Schurmann, C., Josipovic, I., Rashid, B., Rezende, F., Lowe, O., Moll, F., Epah, J., Eresch, J., Nayak A, et al. (2016). The Cytosolic NADPH Oxidase Subunit NoxO1 Promotes an Endothelial Stalk Cell Phenotype. Arterioscler Thromb Vasc Biol 36, 1558-1565.

 

Preise

  • Individuelles Forschungsstipendium der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG).
  • Preis für den besten Vortrag beim UCT Science Symposium (Goethe-Universität Frankfurt).
  • Forschungsstipendium der Fritz Thyseen Stiftung für mein Postdoktorat.
  • Career Development Fellowship (CDF) Preis von MRC-LMB, Cambridge, UK.
  • Preis für das beste Poster auf der EMBO-Konferenz zu Chromatin und Epigenetik 2007, EMBL, Heidelberg, Deutschland.
  • Stipendien der Graduiertenschule für Immunmodulation (Universität Würzburg) und der Biomedizinischen Forschungsschule Hannover (HBRS, MHH) für Promotion.
  • Junior Research Fellowship Preis des CSIR (Zentrum für wissenschaftliche und industrielle Forschung) - NET (Nationaler Eignungstest), Indien.
  • GATE-Stipendium (Graduate Aptitude Test for Engineering).
  • Junior Research Stipendium von NCCS Pune, Indien.
  • Nationales Talentsuchstipendium, Indien.

 

Eingeladene Vortragspräsentation auf internationalen Konferenzen

  • EMBO-Konferenz zu Chromatin und Epigenetik (EMBL Heidelberg 2007).
  • Cambridge Cancer Centre meeting, Cambridge (UK, 2010).
  • DFG-Konferenz in Zeuthen (2013).
  • UCT Science Day Symposium (Goethe-Universität Frankfurt, 2014).
  • Internationaler Kongress für Epigenetik und Chromatin (Frankfurt, 2017).
  • Eingeladener Redner bei Indian Institute of Scientific Education & Research (IISER-Kolkata, 2018).
  • Gordon Research Konferenz (Kurzvortrag) über Myogenese, Lucca Italien (2019).

 

Förderungen

Deutsche Forschungsgesellschaft (DFG)- NA 1565/2-1. seit 2019

 

Lehre

  • Seit 2019 jährlich Praktikum/Lehre in Mechanik und Wärme (Muskelphysiologie), Thema Blut für Studierende der Humanmedizin und "Myogenese" für Studierende der Biomedizin an der Medizinischen Hochschule Hannover.
  • 2012 - 2016 jährlich Leitung des Praktikums Biochemie für Studierende der Humanmedizin am Universitätsklinikum der Goethe-Universität Frankfurt.
  • 2006 und 2007, Praktikum/Lehre T-Zell-Aktivierung und konfokale Mikroskopie an der Universität Würzburg.