Services

Unser aktuelles Angebotsspektrum umfasst eine große Bandbreite moderner Sequenzierungsverfahren und Microarray-basierter Applikationen. Mit Hilfe der Bioinformatik werden die gewonnen Daten aufgearbeitet und bereitgestellt. In verschiedenen Kursen wird das nötige Know-how für die Datenauswertung an unsere Nutzer vermittelt.

Für jegliche Anfragen zu unseren Services nutzen Sie bitte unser Incident-Formular.

Allgemeine Services

Unterstützung bei der Antragstellung
Beratung zum Studiendesign
Bereitstellung von Rechenkapazität
Beratung zu inhaltlicher Datenauswertung
Bereitstellung kommerzieller Auswertesoftware
Bioinformatische Datenauswertekurse
Unterstützung bei Datenintegration in öffentliche Datenbanken

Transcriptomics

Single-cell RNA-Sequenzierung
RNA-Sequenzierung (nach ribosomaler Depletion)
RNA-Sequenzierung (nach poly-A-Anreicherung)
RNA-Sequenzierung (kleine Input-Mengen oder stark degradierte Ausgangsproben)
smallRNA-Sequenzierung
microRNA-Sequenzierung (Nachweis reifer microRNAs)
Microarray-basierte mRNA-Expressionsstudien
RNA-Qualitätskontrolle

Genomics

DNA-Qualitätskontrolle
Whole-Genome-Sequenzierung
Exom-Sequenzierung
Amplikon-Sequenzierung
Target-Enrichment-Sequenzierung
Metagenomik
ChIP-Sequenzierung *
Epigenetische Analysen *

* Bislang wurden noch keine expliziten Standards etabliert. Die Art der Zusammenarbeit ist individuell zu vereinbaren. Chip-Seq-Ergebnisse sind viel relevanter, wenn eine unterstützende Technologie wie RNA-Seq oder ein Methylierungsassay auf den gleichen Proben verwendet wird.

Bioinformatik

Einige der bioinformatischen Leistungen stellen keine Standardservices dar und können jeweils nur bei entsprechender Kapazität und gesonderter Vereinbarung durchgeführt werden.

Transcriptom-Alignment und Quantifizierung (RNA-Seq)
Microarray-Auswertung
De novo Assembly (Genome, Transcriptome)
SNP Detection
Bisulfit-Auswertung
Vergleichende Visualisierung im Genome Browser
Bereitstellung und Administration einer zentralen Galaxy-Instanz als Datenauswerteplattform
Bereitstellung von hoher Rechenleistung für NGS-Applikationen durch einen zentralen Hochdurchsatz Rechencluster (HPC-seq Cluster) (zusammen mit den Stakeholdern und dem ZIMt)

Unser Team blickt auf eine langjährige Erfahrung zurück. In unserer Funktion als primär serviceorientierte Forschungseinrichtung sind wir bemüht, Ihre Forschungsvorhaben in bestmöglicher Weise zu unterstützen und mit Ihnen gemeinsam umzusetzen.